Stichting de Nationale DenkTank organiseert elk jaar een Nationale DenkTank met twintig jonge academici vanuit verschillende studieachtergronden om een maatschappelijk probleem te lijf te gaan. Naast de organisatie van de jaarlijkse DenkTank faciliteren het bureau en bestuur ook MiniDenkTanks en verbinden ze het groeiende netwerk van alumni en partners om de impact van de stichting te vergroten.
Op 9 januari 2005 zag Stichting de Nationale DenkTank het licht. Zes wetenschappers-in-de-dop zonden het concept ‘de Nationale DenkTank’ in voor de competitie ‘Boven het Maaiveld’ van de Avond van de Wetenschap & Maatschappij. Deze wedstrijd was uitgeschreven om de verzuiling tussen wetenschap, overheid en bedrijfsleven te doorbreken. Hoewel het idee niet de eerste prijs won, waren de bedenkers vastberaden om hun idee tot uitvoering te brengen. In 2006 brachten zij voor het eerst twintig promovendi, jonge professionals en academici voor vier maanden samen. Deze groep liet hun hersens, creativiteit en bevlogenheid los op een ‘vastgeroest’ sociaal maatschappelijk probleem. Inmiddels zijn we meer dan tien Nationale DenkTanks verder en het gedachtegoed van deze zes pioniers is behouden. Het idee om op onafhankelijke en inspirerende wijze maatschappelijke vernieuwing aan te snijden is nog steeds uniek en ongeëvenaard.